Mismo giro que con gustar. En español «te duele la cabeza»; en inglés es tu cabeza la que duele:

El «me» español se convierte en el my de la parte que duele. Y el verbo concuerda con esa parte del cuerpo, no contigo: por eso es head hurts, con -s, igual que con cualquier él/ella/ello, pero feet hurt, sin -s, igual que con cualquier plural.