Lo básico, desde tu español:
- todavía (sigue pasando) → still: Todavía llueve → It's still raining.
- todavía no → not ... yet: No ha llegado todavía → She hasn't arrived yet.
- ya → already: Ya lo he visto → I have already seen it.
Si quieres el detalle de cómo se reparten still y yet en las frases negativas, lo tienes en su propia ficha: «Yet significa 'todavía' aunque tú digas 'ya'».
La parte donde tu español se queda corto, la que despista de verdad
En una pregunta nosotros decimos «ya» y se acabó. Ellos tienen dos, y eligen según lo que esperaban:
- ¿Ya han llegado? → Have they arrived yet? (los estabas esperando: preguntas si ha pasado ya lo que tenía que pasar)
- ¿Ya han llegado? → Have they arrived already? (no los esperabas tan pronto: la pregunta lleva sorpresa dentro)
Las dos son correctas y las dos son «¿ya?» en español. Lo que pasa es que para ellos yet es «todavía», así que la primera es literalmente «¿han llegado todavía?», una pregunta que nosotros no hacemos así, y por eso te suenan iguales.
Lo mismo con la hora: ¿Ya son las siete? → Is it seven o'clock yet? (¿falta poco?) · Is it seven o'clock already? (¡qué tarde, no me lo esperaba!)
Una cuarta pieza de esta misma familia: ya no
Algo que se ha terminado. Lo normal, en el día a día, es not ... any more, al final de la frase: Ya no vive aquí → She doesn't live here any more.
Existe también no longer, con el mismo significado pero más formal y escrito, y este sí va delante del verbo, como los de frecuencia: Ya no trabaja en el ayuntamiento → She no longer works at the town hall.
Y una prima cercana, any longer, para algo que estás a punto de cortar: No pienso esperar más → I'm not going to wait any longer.