«Despejar» y «aclarar» no tienen nada que ver la una con la otra. Despejas una mesa, un jardín, la nieve de la entrada. Aclaras una duda, un malentendido, un punto del contrato. Son dos verbos, dos ideas, y en español no los confundes nunca.

En inglés son el mismo verbo: clear.

La misma palabra, dos frases. Y no es un despiste del inglés: hay un motivo, y en cuanto lo ves no se te olvida.

Sin nada detrás: lo que estorba desaparece

Cuando despejas algo físico (una mesa, un jardín, la nieve, una carretera) el verbo va solo, sin nada detrás.

La idea de fondo es siempre la misma: había algo estorbando (nieve, cosas encima de la mesa, pensamientos) y lo quitas de en medio.

Con up detrás: lo que estorba es una duda

Cuando aclaras algo que no era físico (una duda, un malentendido, un punto que no entendías) el verbo lleva up detrás.

Ese up no traduce nada de tu español. No lo oyes en «aclaro», no lo oyes en «aclarado». Está ahí porque el inglés lo necesita para marcar que lo que estorbaba no era una cosa, era una confusión. Quítaselo y la frase sigue sonando a inglés, pero cambia lo que dice: clear the doubt suena a que haces desaparecer la duda de un plumazo, y clear up the doubt es lo que de verdad haces cuando le preguntas al profesor.

Con la mesa, el jardín y la nieve no lo necesitas nunca. Con la duda y el malentendido, lo necesitas siempre.

El resto de la frase se mueve igual que en español

Una vez decidido si toca clear a secas o clear up, el resto se conjuga como cualquier otro verbo, sin sorpresas.

Antes de traducir, decide primero qué tienes delante: si es algo que puedes tocar, es clear. Si es algo que no entendías, es clear up. Esa pregunta te ahorra el error entero.

También en preguntas y negaciones

El criterio no cambia cuando la frase deja de ser afirmativa. Sigue siendo el mismo despejar o aclarar de siempre, solo que con signo de interrogación o con un no delante.

Clear tiene más combinaciones que cambian otra vez el significado; esas se ven en los cursos, con sus propias frases.

La lección completa sobre estos verbos está en los cursos: https://englishclasses.es/index.html#cursos